Die Gemeindewerke Pfäffikon erstellen, unterhalten und betreiben zur Ableitung und Reinigung der Abwasser öffentliche Abwasseranlagen mit der zugehörigen zentralen Abwasser-Reinigungsanlage Schanz. Sie passen diese Einrichtungen stets den Forderungen eines zeitgemässen Gewässerschutzes an. Grundlage für den Ausbau und den Unterhalt der Siedlungsentwässerungsanlagen ist der Generelle Entwässerungsplan (GEP).

In der Abwasserreinigungsanlage Schanz wird das Abwasser gereinigt und via Pfäffikersee wieder in den Kreislauf eingeleitet. Die Gemeindewerke Pfäffikon betreuen auch eine Anlage ausserhalb der Gemeinde, nämlich die Abwasserreinigungsanlage der Gemeinde Hittnau.